Im März 2003 wurde das Königsberger Bernsteinmuseum zu einer unabhängigen Kultureinrichtung. In diesem Jahr jährte sich dieses Ereignis zum 20. Mal. Bis 2003 war das Museum eine Filiale des Gebietsmuseums für Geschichte und Kunst.

Die Entscheidung, das Bernsteinmuseum zu gründen, fiel bereits 1969. Damals wurde ihm das Gebäude des Dohnaturms zur Verfügung gestellt. Der Grund für die Einrichtung des Museums war das Vorhandensein der Bernsteinfabrik im Samland sowie der größten bekannten Bernsteinvorkommen der Welt – etwa 

90 Prozent der weltweiten Reserven des Sonnensteins befinden sich im nördlichen Ostpreußen.

Seit 1969 wird an der Restaurierung des historischen Komplexes des Dohnaturms gearbeitet. In den 1980er Jahren war das Museum zu einem der meistbesuchten Orte in der Region geworden. Die Zahl der Besucher erreichte 400.000 pro Jahr. Wie viele andere kulturelle Einrichtungen hatte auch das Bernsteinmuseum in den 1990er Jahren mit finanziellen und materiellen Schwierigkeiten zu kämpfen. Außerdem wurde seine Entwicklung durch die fehlende rechtliche und organisatorische Selbstständigkeit behindert. Zumal das Bernsteinmuseum von Touristen viel stärker besucht wurde als seine Mutterorganisation, das Gebietsmuseum für Geschichte und Kunst.

In den 1990er Jahren stand das Bernsteinmuseum stets auf dem Reiseplan von Touristen aus aller Welt. Vor allem aber kamen Touristen aus der Bundesrepublik Deutschland. An manchen Tagen fuhren bis zu einem Dutzend Reisebusse dorthin, und die deutschen Touristen kauften massenhaft Bernsteinsouvenirs.

Im Frühjahr 2003 beschloss die regionale Kulturabteilung, das Museum rechtlich neu zu bewerten und es vom Königberger Gebietsmuseum für Geschichte und Kunst abzutrennen. Das Museum hat jetzt etwa 1000 Quadratmeter Austellungsfläche. Heute ist seine Sammlung die wichtigste Sammlung von Bernsteinintarsien in der Russischen Föderation. Der größte Sonnenstein mit einem Gewicht von 4280 Gramm befindet sich hier.

Im vergangenen Jahr besuchten 230.000 Menschen das Museum, dessen Sammlung derzeit aus etwa 16.000 Objekten besteht. Die Pläne der Kultureinrichtung sehen eine Weiterentwicklung vor, einschließlich der Erweiterung der Ausstellungsfläche um weitere Räumlichkeiten im Wrangelturm sowie im Gebäude der Königsberger Bernsteinmanufaktur, das zuvor an das Museum übertragen worden war. Außerdem ist geplant, vor dem Museumseingang einen Parkplatz für Touristenbusse einzurichten und auf dem Museumsturm eine interaktive Leinwand aufzustellen, um ein Freiluftkino einzurichten.