Bis in das letzte Kriegsjahr war Potsdam im Zweiten Weltkrieg von direkten Bombenangriffen verschont geblieben. Im vorletzten Kriegsmonat indes, am Abend des 14. April 1945, zerstörte die Royal Air Force (RAF) bei einem einzigen Luftangriff große Teile der Innenstadt. Dabei brannte auch das Kirchenschiff der Heilig-Geist-Kirche in der Burgstraße aus.

Der Kirchturm überstand zwar den Angriff der britischen Bomber unbeschadet, aber nicht den der sowjetischen Artillerie. Am 25. oder 26 April setzte die vorrückende Rote Armee den Turm durch Artilleriebeschuss vom Güterbahnhof aus in Brand. Der hölzerne Turmhelm stürzte ab. 

1955 gab es zwar die Planung, die Kirche wiederaufzubauen. Dazu kam es indes nicht. Vielmehr wurde 1960/61 das Kirchenschiff abgebrochen.

Es blieb der Turmstumpf. Die Kirchengemeinde sah sich finanziell nicht in der Lage, den Turm zu rekonstruieren. Und Partei und Staat wollten ihn loswerden – angeblich um Platz für dringend benötigten Wohnraum zu schaffen. So kam es am 15. Oktober 1973 zu einer vergleichsweisen einvernehmlichen Lösung. Die Kirchengemeinde verschenkte den Turmstumpf an die Stadt, und die Stadt kaufte ihr dafür das Grundstück ab, auf dem dieser stand. 

Nun konnte die Stadt den verbliebenen Rest des einstigen Gotteshauses beseitigen. Für die Sprengung des Turmstumpfes wurde dieselbe Firma beauftrag, die bereits 1968 die Garnisonkirche gesprengt hatte. 486 Kilogramm Gelatine-Donarit wurden dafür auf 230 Bohrlöcher verteilt. 

Vor einem halben Jahrhundert, am 20. April 1974, erfolgte die Zündung, und der verbliebene Rest des Kirchbaus sank in sich zusammen. Zweieinhalb Meter hoch türmte sich der Schutt in der Burg- und der Heiliggeiststraße. Nach dem Stadtschloss, der Garnisonkirche und dem alten Schauspielhaus war nun auch die Heilig-Geist-Kirche beseitigt. 

Zu dem Bau des neuen Wohnblocks, dem die Kirche hatte weichen sollen, kam es nicht mehr – zumindest nicht zu DDR-Zeiten. Erst Jahre nach dem Zusammenbruch der DDR, im Jahre 1997, entstand auf der Fläche ein Altenheim mit zwei Wohnhäusern. Dessen fünfgeschossiges Hauptgebäude mit anschließendem Wohnturm erinnert wenigstens ansatzweise an die Silhouette der einstigen Heilig-Geist-Kirche. Abgesehen von dieser Reminiszenz ist von dem Sakralbau nur die über dem Eingang vom Stifter König Friedrich Wilhelm I. angebrachte Widmungstafel erhalten geblieben, die von Mitarbeitern des Potsdam Museums gerettet wurde.